土壤菌肥不匹配。土壤有酸碱之分，中性和微酸性土壤宜施用细菌性菌肥，碱性土壤宜施用丝状微生物的藻类菌肥，施用后可固定空气中的氮。其实土壤中的微生物很多，数量很大，大部分微生物对作物的生长发育、土壤团粒结构、物质循环有很大的影响。

土壤不利于微生物存活。果园多年不施或浅施有机肥造成土壤板结，存氧量差，根系生长缓慢。除草剂的残留直接破坏了土壤团粒结构使土壤微生物死亡。果园施用菌肥后土壤中没有足够的微生物使菌肥发酵繁衍形成有效菌群，阻碍了肥效的发挥。

对菌种不了解。每种菌肥有它的属性和作用，如球状芽孢杆菌是细菌杀虫菌、EM菌是抗重茬菌、乳状芽孢杆菌是长效细菌杀虫菌。枯草芽孢杆菌能有效防治根系周围的真菌使作物免受侵害。

施用温度和方法不对。菌肥一般要求地温在5～35℃内施用，低于5℃时菌种不能繁殖，高于35℃菌种会被烧死。菌肥最好单独施用，不要和大肥(氮、磷、钾)混合施用。正确的施肥方法是采取沟施，挖宽30公分、深25～35公分的沟，先施入大化肥，填一层10公分左右的土，再施菌肥，这样可避免大化肥水溶下渗杀死菌种的机会。

土壤中有机质不足。施用菌肥的关键是不断培养土壤中的微生物。土壤中有足够的有机物或腐殖质被微生物利用，并且在土壤中繁殖，激活营养。实行果园生草制，草长到15～20公分时刈割覆盖地面，1年多次，2年全园普翻1次，以利提高果园土壤腐殖质的含量。3～5年施1次发酵好的牛、猪、羊、鸡兔等家畜禽粪，为菌肥菌种的繁殖提供充足的基质，为果树提供中、微量元素，减少小叶、黄叶等生理病害的发生。